Maktab Rendah Sains MARA telah memperkenalkan sistem penilaian berdasarkan Purata Nilaian Gred (PNG) mulai tahun 1986. Di bawah sistem ini, pencapaian pelajar pada akhir semester akan dikelaskan mengikut gred abjad yang diberi mata nilaian seperti berikut.
| GRED | MATA NILAIAN |
| A | 4.0 |
| B+ | 3.5 |
| B | 3.0 |
| C+ | 2.5 |
| C | 2.0 |
| D | 1.0 |
| F | 0.0 |
Semua kursus pada setiap semester akan diberi jam kredit dan mempunyai kod kursus yang tertentu. Kursus-kursus ini terbahagi kepada 4 jenis iaitu:
Kursus Teras
Terdiri daripada subjek yang wajib diambil oleh semua pelajar untuk peperiksaan SPM.
Kursus Elektif
Terdiri daripada subjek peperiksaan mengikut jurusan yang dipilih oleh pelajar Menengah Atas.
Kursus Khas
Wajib diambil oleh semua pelajar sebagai memenuhi syarat graduasi.
Kursus Pembangunan
Sosial dan Emosi
Pelajar boleh memilih kursus yang diminati asalkan memenuhi syarat graduasi.
Kursus ini terbahagi kepada lima iaitu :
a) Projek Homeroom
b) Kelab
c) Sukan
d) Permainan
e) Badan Beruniform