Badan Kepimpinan Pelajar (BKP) adalah badan pelajar yang terpenting di MRSM Kota Kinabalu. BKP berfungsi menjadi perantara di antara pelajar dan pihak maktab, menyuarakan pendapat dan menyebarkan dasar maktab.

Badan Kepimpinan Pelajar (BKP) adalah ditubuhkan sebagai sebuah badan kebajikan dan kerjasama pelajar dalam menjaga kepentingan pelajar Maktab Rendah Sains MARA (MRSM) ke arah mencapai matlamat dan wawasan pembangunan bangsa dan negara, disamping menjadi titian atau landasan kepada pelajar untuk memupuk dan menyuburkan bakat kepimpinan serta nilai-nilai demokrasi dan kerjasama di kalangan pelajar untuk memilih jawatankuasa BKP, satu pilihanraya yang dikenali sebagai Pilihanraya Umum BKP diadakan dalam masa 7 hari selepas tarikh Persidangan Agong Tahunan diadakan dan dijalankan di bawah kelolaan Suruhanjaya Pilihanraya mengikut garis panduan yang ditetapkan.

Dibawah badan ini wujud satu lagi badan iaitu Hoscom (Hostel Committee) yang dipengerusikan oleh Naib Presiden 1 BKP. Hoscom bertanggungjawab kepada Presiden BKP, Penolong Pengetua HEP dan pengetua dalam urusan penguatkuasaan undang-undang dan tatatertib disiplin pelajar serta membantu pihak Guru Asrama, Guru Penasihat, Guru-Guru, Pengetua dan Kakitangan Maktab dalam beberapa perkara.