Asrama MRSM Kota Kinabalu dibahagikan kepada 2 iaitu asrama putera dan asrama puteri yang mempunyai kapasiti 700 penghuni. Setiap asrama mempunyai sebanyak 60 bilik dimana dihuni oleh sekitar 4 orang pelajar dalam satu bilik. Asrama juga dilengkapi beberapa kemudahan seperti ruang menonton televisyen, 'Sick Bay', dan juga dewan makan.

 

Untuk memastikan kebajikan dan disiplin pelajar sentiasa berada dalam keadaan terkawal maka beberapa orang warden telah dilantik yang terdiri dari guru-guru MRSM Kota Kinabalu. Warden-warden yang dilantik bertanggungjawab dalam mengawalselia pelajar-pelajar agar sentiasa mematuhi peraturan asrama yang telah ditetapkan.