Unit Hal Ehwal Akademik MRSM Kota Kinabalu yang diketuai oleh Penolong Pengetua HEA iaitu En. A. Bakar A. Rahim bertanggungjawab dalam mengawalselia perjalanan sistem pengajaran dan pembelajaran guru-guru di MRSM. Unit ini memainkan peranan penting dalam menyusun program-program pendidikan untuk mempertingkatkan pencapaian akademik pelajar maktab. Selain itu unit ini juga bertanggungjawab dalam memastikan kemudahan-kemudahan pembelajaran di MRSM sentiasa terkawal dan mencukupi seperti kemudahan komputer (Internet), buku rujukan dan lain-lain.

Objektif Pengurusan HEA

1. Cemerlang - Kelulusan 100% SPM dan 100% PMR dengan:

• 100% calon mendapat 9A1 SPM
• 100% calon mendapat *A SPM
• 100% calon terpilih untuk mengikuti program pengajian lanjutan tajan JPA/MARA atau program khas A-Level.

2. Berwibawa - diakhir semester ke III, setiap pelajar tingkatan 4 mempunyai:

• Perspektif yang jelas tentang rancangan masa hadapan atau cita-cita mereka.
• Sikap positif terhadap bidang keusahawanan dan perindustrian.
• Mempunyai nilai-nilai positif terhadap dirinya, orang lain, alam sekitar, masyarakat agama dan bangsanya.

Matlamat Korporat HEA

Melahirkan pelajar-pelajar yang memiliki tahap pencapaian yang cemerlang, layak serta berwibawa untuk melanjutkan pengajian di pusat-pusat pengajian yang terkemuka di dalam atau di luar negeri dalam bidang Sains dan Teknologi atau bidang-bidang yang berkaitan dengan sektor perindustrian dan perniagaan.

Untuk mencapai matlamat tersebut, pihak pengurusan HEA MRSM telah menyusun perancangan dan tindakan. Antaranya ialah:

1. Pembangunan Guru
2. Pembangunan Kurikulum
3. Pembangunan Alat Bantu Mengajar