MRSM Balik Pulau telah ditubuhkan pada tahun 1984 dengan pengambilan pertama yang terdiri daripada pelajar tingkatan tiga dan tingkatan dua. Pelajar tingkatan tiga sebelum ini telah menumpang di MRSM Terendak dan MRSM Muar. Pada masa ini maktab ini hanya mempunyai dua belas kelas iaitu enam kelas tingkatan dua dan enam kelas tingkatan tiga.

Seramai dua puluh orang guru juga sebelumnya menumpang di MRSM Terendak dan MRSM Muar ditempatkan di sini bersama-sama dengan pelajar-pelajar tersebut. Seramai lebih kurang lima belas orang guru-guru baru juga turut sama berkhidmat pada tahun yang sama. Sehingga kini guru-guru di maktab ini sering silih berganti dan guru-guru kelompok pertama dahulu hanya tinggal beberapa orang sahaja. Iaitu Ustazah Rasitah, YM Tengku Lokman, Mr Chong Pak Cheong dan Ibrahim Sulaiman. Di awal penubuhannya maktab mengamalkan sistem kelas terapung yang mana para pelajar berpindah tempat untuk mengikuti kelas yang berlainan.

Maktab pernah menjadi wakil diperingkat kebangsaan dalam bahagian syarahan agama, tilawah Al Quran pada tahun 1986 dan bolasepak. Pada pertandingan tilawah Al Quran, maktab telah menjadi naib johan.

Pengetua yang pernah berkhidmat di sini

• 1984 - 1987 : Encik Mohd Hussin B Ibrahim
• 1988 - 1989 : Encik Faruk Senan B Abdullah
• 1990 - 1995 : Tuan Haji Abdul Ghani B Jusoh
• 1996 - 2004 : Tuan Haji Faruk Senan B Abdullah
• 2005 - 2006 : Encik Saleh B Osman
• 2006 hingga kini : Tn Hj Mohd Sabri b Ali